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Cuando Colón llegó por primera vez a las Islas de la Bahía en su cuarto viaje al Nuevo Mundo entre 1502 y 1504, el se encontró con los indios Paya. Los historiadores creen que llegó a la Bahía que se encuentra al norte de la playa. El soldado en el lado oeste de Guanaja, en la actualidad conmemorado con un pequeño monumento. Cerca de aquí, su tripulación capturó una canoa cargada de “pequeños cuchillos, hachas de cobre, espadas con dientes de obsidiana, campanas de cobre, contenedores para fundir metal, ropa de algodón teñido, cerámica, cerveza de maíz y semillas de cacao que utilizaban como dinero.

A lo largo del siguiente siglo, los Isleños fueron sujetos a invasiones españolas para llevarlos como esclavos, ponerlos a trabajar en las minas de oro, y más tarde cristianizados y usados para la labor agrícola. El archipiélago de las Guajanas fue formalmente incorporado a la provincia de Honduras en 1528. Al mismo tiempo, los franceses, holandeses e ingleses atacaban y robaban los puertos españoles caribeños y las rutas de los barcos. Las Islas de la Bahía estaban situadas perfectamente para tales ataques. La comida fresca era abundante y los Galeones españoles cargados con oro y plata del Nuevo Mundo salían regularmente hacia Europa vía Cuba.
Utensilios de cerámica de cocina que datan de 1500 son abundantes en los sitios de los naufragios en las islas. Durante el período español en las Américas, jarros de cerámica fueron utilizados para el transporte de granos, aceite, y vino europeo a los establecimientos recién colonizados. Algunos jarros estaban recubiertos con un barniz impermeable de plomo para almacenar los líquidos. Los fragmentos de estos “jarrones de oliva española: son encontrados frecuentemente en los sitios arqueológicos como también por buceadores en el mar.